養豬場污水處理污染源包括牲畜糞便、農藥、化肥等。農藥污水中，一是有機質、植物營養物及病原微生物含量高，二是農藥、化肥含量高。致使大量農藥、有機化肥隨表土流入江、河、湖、庫，隨之流失的氮、磷、鉀營養元素，未經養豬場污水處理系統處理的物質會使河川受到不同程度富營養化污染的危害，造成藻類以及其他生物異常繁殖，引起水體透明度和溶解氧的變化，從而致使水質惡化。
養豬場污水處理豬糞尿流程 :
豬糞尿排泄量因豬只體重、采食飼料質量及飼養方式不同有很大差異，豬只按營養標準喂飼結果，其糞便排泄量約為飼料采食量干種之51﹪；以一頭體重為150到200公斤的豬為例，每天所排放的糞便量約為2公斤。豬糞尿處理方式，可分為糞尿混合處理及糞尿分離處理二大類：而各種養豬場污水處理方法，不外乎經過「固液分離」、「厭氣處理」與「好氣處理」三道養豬場污水處理程序：

（一）養豬場污水處理固液分離
養豬場污水處理固液分離主要系利用養豬場污水處理固液分離機將豬糞中固形物分離，降低養豬場污水處理中有機物，固體部分可經除臭、發酵后做堆肥；液體部分則經養豬場污水處理厭氣發酵后，產生沼氣及污泥餅再利用，剩余之液體則可供灌溉或排放。養豬場污水處理固液分離處理方式包括人工撿糞、刮糞式畜舍、豬糞分離床、固液分離機等。

（二）養豬場污水處理厭氣處理
養豬場污水處理豬糞尿廢水中有機物被微生物分解酸敗腐化消耗氧氣，因缺氧形成厭氣狀態，厭氣菌種取得優勢大量繁殖，有機物被分解形成甲烷（CH4）、二氧化碳（CO2）、硫化氫（H2S）、氨氣（NH3）、水（H2O）等，養豬場污水處理設施包括厭氣塘、厭氣槽、厭氣塔等。

（三）養豬場污水處理好氣處理
亦即養豬場污水供氧處理，是將大量空氣打入豬糞尿廢水中，水中溶氧充足，好氣菌種大量繁殖，有機物被微生物分解，因微生物在有氧狀態下進行氧化分解效率高，有機物分解速度快，養豬場污水處理方式包括水車式供氧、曝氣機供氧、生物旋轉盤供氧等。
養豬場污水處理豬糞尿經大量水沖洗再固液分離后所剩之固體糞渣，大部分為未消化之飼料顆粒，如玉米粒、麩皮、豆渣皮等粗纖維，雖然肥料三要素氮、磷、鉀等肥料成分相對較低，含水率75~85 %，但是為了減少養豬場污水處理環境污染，提高養豬場污水處理豬只飼養附加價值，降低畜牧飼養成本，提高農民養豬收益，豬糞尿的再利用是有其必要性的。而其有機肥原料再利用的方法有：
（一） 肥料
豬糞尿廢水污泥經污泥脫水機脫水后，其所產生之污泥餅可經除臭、發酵、干燥后作成有機化肥回歸農地。

（二）飼料
豬糞尿有機肥原料經過發酵處理消除病原體后，可以養殖魚類、混入飼料中再喂飼動物，其做法就是利用飼養各種家畜家禽所產生的肥料，排放到魚池之中，畜禽的糞尿排泄物可以當作魚類的飼料。

（三）沼氣之利用
1.有機肥原料燃料：豬糞尿厭氣發酵產生之沼氣，可供作燃料；7~8頭豬所產生之糞尿發酵產生之沼氣量，有機肥原料足可提供一個五、六口家庭生活所需之燃料。
2.有機肥原料動力：將化油器改換成進氣管，有機肥原料沼氣可取代汽油使用于抽水機，做灌溉機具的動力來源。
3.有機肥原料熱源：可供做仔豬保溫燈及保溫墊熱水之能源。

（四）有機肥原料培養藻類︰豬糞尿水發酵后之排放液中，可供培養綠藻、螺旋藻用，且可更進一步凈化放流水。

（五）園藝栽培︰豬糞尿有機肥原料經廢水處理后的剩余物──污泥餅摻入廢紙漿后，制成「污泥花盆」，可供園藝界和農業界苗圃育苗使用